等到了三辅叛乱之时，马超已经可以统兵了，并且亲自率军攻破苏氏坞堡，开始了自己的征战生涯。
建安七年，袁尚部将高干和郭援联合南匈奴单于呼厨泉进攻河东掠取关中，司隶校尉钟繇，写信给马腾、韩遂，陈述其中利弊关系，又派张既、傅干等人去劝说，请求马腾、韩遂出兵援助。
马腾派马超率领万余人进入关中援助钟繇，朝廷任命马超为司隶校尉督军从事，讨伐郭援、高干等。郭援在率大军渡过汾河时，马超率领自己的军队在郭援渡河过一半的时候截杀。
作战过程中，马超的脚部中箭受伤，但马超没有退缩，用布裹住受伤的脚，继续率军作战，大破敌军，马超部将庞德亲手将郭援斩杀，随后高干和单于呼厨泉投降。
（《三国志·马超传》：后腾袭长安，败走，退还凉州。司隶校尉锺繇镇关中，移书遂、腾，为陈祸福。腾遣超随繇讨郭援、高干於平阳，超将庞德亲斩援首。）
曹操担任丞相时，曾想招揽马超入朝为官，但马超没有前去赴任。讨伐郭媛后曹操借汉献帝诏拜封马超为徐州刺史，但马超依旧没去赴任。曹操改封马超为谏议大夫，徐州刺史的位置朝廷给了臧霸。
（《典略》曰：初，曹公为丞相，辟腾长子超，不就。超后为司隶校尉督军从事，讨郭援，为飞矢所中，乃以囊囊其足而战，破斩援首。诏拜徐州刺史，后拜谏议大夫。及腾之入，因诏拜为偏将军，使领腾营。）
这一下子，曹孟德给自己找了两个大麻烦，并且真真正正的祸及子孙了。
马孟起没有来到他的身边，最后出现了问题，臧霸去了徐州，直接就来了一个国中之国。
建安十三年，马超的父亲马腾在张既的劝说（忽悠）下入朝为官，被任为卫尉。
马超的两个弟弟马休，马铁也被封奉车都尉、骑都尉。
但是只有马超这个家伙看的明白，选择了留守凉州，被封为偏将军、都亭侯，统领马腾的部队，割据原来马家势力所在的“三辅”，依旧屯兵于槐里。
（《典略》：十三年，征为卫尉，腾自见年老，遂入宿卫......及腾之入，因诏拜为偏将军，使领腾营。又拜超弟休奉车都尉，休弟铁骑都尉，徙其家属皆诣邺，惟超独留。太长了，掐头去尾！）
建安十五年，周瑜跟孙权提出攻占两川联合马超围攻曹操，但计策未实施就病逝了，若非如此，恐怕这天下还真未必不能重新来一次。
（这是真的，而且还是三角恋，周瑜看上了马超，马超看上了刘璋，刘璋....啊呸！
《益州耆旧传》：初，韩遂与马腾作乱关中，数与璋父焉交通信，至腾子超复与璋相闻，有连蜀之意。商谓璋曰：“超勇而不仁，见得不思义，不可以为唇齿。老子曰：‘国之利器，不可以示人。’今之益部，士美民丰，宝物所出，斯乃狡夫所欲倾覆，超等所以西望也。若引而近之，则由养虎，将自遗患矣。”璋从其言，乃拒绝之。
《三国志·周瑜传》：乞与奋威俱进取蜀，得蜀而并张鲁，因留奋威固守其地，好与马超结援。）
建安十六年）三月，曹操派遣钟繇、夏侯渊率领军队出河东，试图经过马超等凉州军阀的领地进攻汉中张鲁，以马超、韩遂为首的关西军阀都怀疑曹操要攻打吞并凉州。
马超更是认为这是曹操的假道灭虢之计，于是联合关中诸将张横、梁兴、安定的杨秋、河东的侯选、程银、李堪、马玩、成宜等十部共十万人马起兵反曹，期间马超曾试图拉拢刘雄鸣这种山贼势力，但遭到拒绝，被马超率兵击破，投靠了曹操。
（《典略》曰：建安十六年，超与关中诸将侯选、程银、李堪、张横、梁兴、成宜、马玩、杨秋、韩遂等，凡十部，俱反，其众十万，同据河、潼，建列营陈。）
马超为了拉拢韩遂，甚至对韩遂说：“如今，马超弃父，以韩将军为父。韩将军亦当弃子，以马超为子。”
（这也是真的，虽然没有和吕布一样认干爹，不过也没有客气。
《三国志·张既传》裴注《典略》：马超等结反谋，举约为都督。及约还，超谓约曰：“前锺司隶任超使取将军，关东人不可复信也。今超弃父，以将军为父，将军亦当弃子，以超为子。”行谏约，不欲令与超合。约谓行曰：“今诸将不谋而同，似有天数。”乃东诣华阴。）
咱也不知道当初马超说出这句话的时候，他爹知道了是怎么想的，会不会被气死在床上。
于是关中联军推举韩遂为都督，屯聚于渭河、潼关，建列营寨。曹操派遣曹仁等前往拒守，因为忌惮精悍的关西兵，曹操下令让诸将坚壁固守，不要正面进攻，等待自己亲自率领大军的支援，可见马超和韩遂合作之后的威力。
七月，曹操率领中原大军亲自西征，与马超联军在潼关夹关对峙。曹操军驻扎在蒲阪，想要西行渡河，马超听说后对韩遂说：“可以在渭河北岸据守，不到二十天，河东粮食用尽，敌军便自行撤军了。”
但是被韩遂的